Tota l'activitat que generava l'església, es va veure trencada per uns esdeveniments que la van afectar en la seva pròpia arrel. Va quedar tan privada de membres que va perillar fins i tot la seva mateixa existència. Podem parlar de dues causes fonamentals: estancament i divisió.

a) Estancament.- Malgrat totes les activitats que hem comentat, la comunitat de Sabadell feia molts anys que no tenia un dirigent preparat i això anava desgastant la bona voluntat dels membres, que es trobaven massa sols. Antoni Morral, més conegut com Tonet "el ceguet", predicava molts diumenges i llegia la seva edició especial de la Bíblia, però potser li mancava la força i preparació d'un pastor consagrat. Des de 1897 no es realitzava cap baptisme, la qual cosa ens demostra que el testimoniatge no era tan bo com calia, i això potser anava desanimant els membres, que no veien prosperar la congregació. No obstant s'ha de dir que, a traves de Tonet "el cec" moltes persones van conèixer l'evangeli i algunes de les quals van ajudar al creixement futur de l'església.

b) Divisió.- Dins d'aquest context, apareix a la nostra ciutat, l'any 1903, l'Església Reformada Episcopal, amb el seu ministre Antoni Estruch al front. Estava molt millor organitzada que la baptista i el Sr. Estruch gaudia d'un merescut prestigi. Es va
constituir, en un principi, amb creients de l'església de Monistrol de Montserrat, que residien a Sabadell. (15) Anava a les reunions de la comunitat baptista un senyor anomenat Martí, director de la fàbrica de teixits francesa Sidoux, però ell era reformat, i, aleshores, en implantar-se l'Església reformada, es va incorporar a la seva membresia, abandonant els baptistes. Molts el van seguir, entre ells la família Rifà. El trasllat de membres va ser constant i l'any 1904 (16) l'església baptista es va quedar amb només 3 membres nominals: Maria Corominas, el seu marit Ignasi Vallès i el seu nebot Tonet "el cec".

Maria Corominas, una de les primeres persones batejades per Joan Urh, gràcies a la qual l'església va poder prosperar.

Des de Barcelona es va tractar de revifar l'obra, però sense cap resultat. Antònia Zapater va intentar reanudar l'Escola dominical sense cap èxit. Per acabar-ho d'espatllar, es van veure obligats a marxar del local del carrer de Montserrat, i en van llogar un altre de petitíssim inaugurat l'octubre de 1904, l'indret del qual no coneixem.(17)

Sabem que durant alguns mesos i davant aquestes dificultats van flaquejar el marit i el nebot, i que Maria Corominas, tota sola, quan era l'hora del culte anava al local, obria la porta, pregava i se'n tornava a casa. Va sofrir tota mena d'insults i escarnis, per part de veïns i coneguts. Se'n reien d'ella i de l'església, dient-ne "la reunió de la Marià Vallés". Però aquesta dona ho va resistir tot i, la seva constància i fidelitat varen veure's recompensades, uns anys més tard, amb el renaixement de la comunitat. (18)

Degut a alguns canvis que la Unió Baptista va fer a Catalunya, és designat pastor de Sabadell Manuel Marín, el setembre de 1905. En arribar, va intentar reagrupar els membres dispersos, en recupera alguns i rep algun trasllat i, amb això, reorganitza l'església, la qual cosa permet mantenir l'esperança de creixement.

El 1907 la comunitat va llogar un local més ampli a la Plaça de Sant Joan, on l'església hi té bones activitats. Es molt important en aquesta època, l'escola dominical que s'hi celebra, normalment els diumenges havent dinat, amb la participació de molts nens, sobretot quan hi ha festes. A les reunions per a la gent gran, l'assistència ja és més reduïda.

De Sabadell estant, Manuel Marín s'ocupava de la redacció de "El Eco", llavors una revista mensual amb articles i amplies notícies. Residia al carrer de Barcelona (avui Avinguda de Barberà) núm. 123. Manuel Marín va garantir als membres l'ajuda pastoral, però no va fer créixer l'assistència. Va morir el 1910, deixant una comunitat molt reduïda i poc animada.

Durant els dos anys següents (1910-1912) va ocupar-se de l'obra de forma intermitent, el veterà pastor Gabriel Anglada, que en aquells moments tenia cura de tot Catalunya, fins que, per causes de salut, va marxar a Figueres. L'església es troba en plena agonia, amb pocs membres i bastant desorientada. Però, just a partir d'aquest moment, és quan va començar un lent creixement, però constant de la comunitat sabadellenca.